현재 이공계 산업 기능 요원과 의경·해경·소방공무원 복무 등 현역 자원 병역 특례자는 연간 2만 8천여 명에 이른다. 이 가운데 석사 이상의 학위를 갖고 병무청이 선정한 기관에서 연구인력으로 일하며 병역을 대체하는 전문연구요원은 2천5백 명, 특정 분야 자격증을 따 중소기업에서 일정기간 근무해 병역을 이행하는 산업기능요원은 6천 명이라고 국방부는 밝혔다.
그간 국방부는 여러 차례 병역특례요원을 포함한 대체복무요원 감축·폐지 계획을 밝혀왔지만 관계부처의 반대로 실행하지는 못했다. 이에 대해 국방부는 "병역 자원이 부족해지는 현실에서 (대체복무요원 감축이나 폐지는) 불가피하다"며 "현역 자원 병역 특례는 군 인력 충원에 지장이 없는 범위 안에서 지원하는 것"이라고 밝혔다.
하지만 이들을 고용해온 정부부처나 연구소, 중소기업 등의 반발이 예상된다. 병역특례요원 대신 인력을 고용하는데 추가 경비가 들어갈 수 밖에 없기 때문이다. 중소기업중앙회는 "중소기업은 기술ㆍ기능인력 및 연구인력 부족이 가장 심각한 상황으로, 병역특례제도가 폐지될 경우 글로벌 경기악화와 인력난의 이중고에 처해 절박한 생존기로에 놓일 것"이라며 "병역특례제도 폐지에 대한 전면재검토가 필요하다"고 밝혔다.
연구 단절이 불가피한 이공계 박사과정의 전문 연구원 사이에서도 반발 움직임이 일고 있다. KAIST(한국과학기술원) 학부 총학생회와 광주과학기술원, 대구경북과학기술원, 울산과학기술원 총학생회 등이 전문연구요원 폐지에 공동대응하기로 했다.
중소기업계와 이공계의 반발에 대해 국방부는 "병역 자원이 부족해지는 현실에서 (대체복무요원 감축이나 폐지는) 불가피하다"며 "현역 자원 병역 특례는 군 인력 충원에 지장이 없는 범위 안에서 지원하는 것"이라고 밝혔다. 특히 전문연구요원의 경우 "연구소에서 일하는 인원은 60%에 불과하고, 나머지 1,000여 명은 개인 논문을 작성하는 중에 병역특례를 주는 등 형평성에도 문제가 있다"고 덧붙였다.